飛諾美色譜柱是高效液相分離系統的中重要的環節，業內常把色譜柱比喻為液相色譜的心臟，其根據極性分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為主，反相柱填料主要以硅膠為基質。
在使用飛諾美色譜柱的過程中應當注意的問題：
1、避免直接改變溶劑的組成
在需要改變檢測樣品溶液組成是，應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。且在使用次洗脫能力強的 洗脫液沖洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。
2、避免壓力和溫度的急劇變化
溫度的突然變化或者使飛諾美色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，以保持柱內填料的穩定性。
3、避免色譜柱反沖
一般來說不能反沖，只有使用說明書上標明該柱可反沖才可以反沖除去留在柱頭上的雜質。否則，會影響是迅速降低柱效。
4、禁止樣品未經處理直接進入
避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱，保護柱可以而且應該經常更換。
5、避免流動相使用不當而破壞固定相
選擇使用適宜的流動相（尤其是pH），以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一段預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠"飽和"，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
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